Seal Island erhebt sich drei Kilometer westlich von Granite Island aus den Gewässern der Encounter Bay. Der windgepeitschte Granitfelsen dient als Brutstätte für Australische Pelzrobben, seit sich die Art nach ihrer Beinahe-Ausrottung im frühen 20. Jahrhundert erholt hat. Kapitän Matthew Flinders kartierte diese Gewässer 1802 an Bord der HMS Investigator und benannte die Encounter Bay nach seinem Treffen mit dem französischen Entdecker Nicolas Baudin in derselben Woche. Die von ihm beobachteten Robben waren bereits selten; in den 1830er Jahren hatten Robbenfänger die regionale Population auf weniger als zweihundert Individuen reduziert. Ein gesetzlicher Schutz trat 1891 in Kraft, und bis in die 1970er Jahre hatte sich die Kolonie auf der geschützten südlichen Plattform von Seal Island wieder etabliert, wo die Bestände in den Hauptbrutmonaten heute wieder mehr als vierhundert Tiere umfassen. Die Seal Island Bootsfahrten in Victor Harbor starten am Granite Island Causeway, einer 630 Meter langen Steinbrücke, die 1875 fertiggestellt wurde, um die Stadt mit den Walbeobachtungspunkten auf Granite Island zu verbinden. Der Damm bleibt die einzige Landverbindung zum Einstiegspunkt, und die seit 1894 betriebene Pferdestraßenbahn befördert neben modernen Fahrzeugen auch heute noch Fußgänger. Die Schiffe navigieren durch den Kanal zwischen Granite Island und Wright Island, bevor sie nach Westen in die offene Encounter Bay abbiegen, wo die Dünung des Südlichen Ozeans auf das flache Schelf trifft, das sich fünfzehn Kilometer vor der Küste erstreckt. Die Wassertiefe fällt vom Damm aus von zwölf Metern auf sechzig Meter an der Ostseite von Seal Island ab und erzeugt aufsteigende Strömungen, die Schwärme von Sardinen und Sardellen anlocken – die Hauptnahrung sowohl der Robben als auch der Gemeinen Delfine, die in denselben Gewässern jagen. Die Granitformation der Insel stammt aus dem Kambrium und gehört zu derselben geologischen Provinz wie die Mount Lofty Ranges dreißig Kilometer landeinwärts. Die Wellen haben an den südlichen und westlichen Flanken der Insel Meereshöhlen geformt, die Schutz vor den vorherrschenden Südwestwinden bieten. Männliche Pelzrobben besetzen die exponierten nördlichen Felsen, ihre Revierrufe sind während der Brutsaison von November bis Januar einen Kilometer weit in Windrichtung zu hören. Weibchen und Jungtiere sammeln sich in den Höhlen, wo die Welpen acht Monate lang gesäugt werden, bevor sie sich in das offene Wasser wagen. Die Boote halten etwa zwanzig Meter vor der Küste – der nach dem Marine Mammal Protection Act von Südaustralien vorgeschriebene Mindestabstand –, was es den Passagieren ermöglicht, das Säugeverhalten, Revierkämpfe und den unverwechselbaren Schwimmstil der Robben zu beobachten, wenn sie von der Nahrungssuche zurückkehren. Zwergpinguine nisten in den Geröllfeldern von Granite Island und schwimmen gelegentlich abends in der Nähe von Seal Island, während Australische Tölpel und Weißbauch-Seeadler das ganze Jahr über den Kanal patrouillieren.